氫氣在醫療界已經使用50年，醫療界都拿氫來做輔助醫療，對很多的醫療效果幫助都很大，因為氫是宇宙最小的分子，小分子穿透力很強，可以直接進入細胞進到大腦裡面幫助排毒、抗氧化。 坊間大部分的氫水，都是用氫氣機或者是氫水杯製造，其氫的濃度低，亦無法保存。
某些類型的無氧代謝反應會產生氫氣。會釋出氫氣的微生物一般以含鐵或含鎳的氫化酶作為催化劑，進行以下的可逆氧化還原反應： 在丙酮酸鹽發酵成水的過程中，還原當量（任何在氧化還原反應中可轉移單個電子的化學物）轉移時會產生氫氣。[78]生物體內氫的自然產生和消耗稱為氫循環。[79] 所有光和生物所進行的光反應都會把水分解成質子、電子和氧氣。在某些生物中，如萊茵衣藻和藍綠藻等，演化出了「暗反應」的第二階段：質子和電子通過葉綠體的特殊氫化酶還原成氫氣。[80]一些科學家正在研究用基因改造方法，使水藻和藍綠藻的氫化酶在有氧環境下也能高效合成氫氣。[81][82]
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